세부는 스페인의 식민지 이전부터 항구 도시였다. 중국 외에 동남아시아의 여러 나라와 거래를 하고 있었으며 이때 이슬람교도 전해졌다. 1521년 4월 7일, 페르디난드 마젤란이 세부에 도착했다. 그는 세부의 영주였던 라자 후마본 (Rajah Humabon)을 회유했다. 라자 후마본과 왕비, 주민들은 그 해 4월 14일 세례를 받고 처음 필리핀 기독교인이 되었다. 마젤란은 지방 영주 간의 싸움에 개입하여 기독교로 개종시켰지만, 이 섬을 스페인 영토로 선언할 수 없었다. 4월 27일 막탄섬에서 마젤란을 따르지 않았던 라푸라푸가 이끄는 군대와의 전투가 일어나 전사했기 때문이다.

1565년 4월 27일, 정복자 미겔로페스 데 레가스피는 병사들과 성 아우구스치노 수도회 및 프란시스코회로 부터의 수도사와 함께 상륙해, 라자 후마본 왕의 아들, 라자 투 파스왕의 마을을 공격하여 점령하여 필리핀 식민지화의 최초의 발판을 쌓아 올렸다. 마젤란이 산 미구엘로 개명한 세부의 마을은 레가스미에 의해서 비야 델 산티시모 논브레 데 헤스(Villa del Santisimo Nombre de Jess)라고 다시 개명되어 마닐라가 식민지화 될 때까지의 6년간, 세부 시는 새로운 스페인 식민지의 수도가 되었다. 그들은 이 해안에 멕시코와의 무역이나 현지인과의 전쟁에 대비한 항구 요새인 산 페드로 요새를 건설했고, 이것은 지금도 세부시의 해안에 남아 있다.

• 산토니뇨 교회 : 산토니뇨 교회(Basilica Minore Del Santo Nino)는 1565년 프레이 안드레스 데 우르다네타 신부에 의해 지어졌으며, 세부의 수호신인 검은 산토 니뇨(아기예수)의 이미지가 발견된 위치에 건축되었다. 마젤란은 필리핀에서 가장 오래된 종교 유물인 산토 니뇨상(아기예수상)을 라자 후마본 왕의 부인인 주아나 여왕에게 세레 선물로 주었다. 산토니뇨 상은 스페인 정복자들이 필리핀을 떠난 1565년 반란군을 제압하기 위해 미구엘 로페즈 데 레가스피의 병사들이 일으킨 화재가 일어난 장소에서 나무 상자에 봉해져 보관된 채로 발견되었다. 1965년 교황 바오로 6세는 400년 역사를 가진 필리핀을 기독교국으로 인정하여 준대성전으로 승격시켰으며, 현재 이 교회는 오스메냐로(路)에 위치해 있다.
• 마젤란 십자가 : 1521년 4월 21일 포르투갈 개척자 페르디난드 마젤란이 꽂은 마젤란 십자가는 세부의 추장 라자 후마본과 그 일족들이 필리핀 최초로 페드로 발데라마 신부에게 세례를 받은 위치를 나타낸다. 1525년부터 1740년까지 성 아우구스티누스 신봉자들은 이 지역에 성당을 짓기 시작했으나 원래의 십자가를 보호하기 위해 틴달로 나무로 함을 만들어 보관하였다. 마젤란의 십자가는 세부 시 마갈린즈 가에 위치한 산토니뇨 교호 근처의 정자에서 볼 수 있다.
• 산페드로 요새 : 산 페드로 요새(Fort San pedro)는 1565년 지어진 필리핀에서 가장 오래된 요새이다. 해적과 침략자들을 격퇴하기 위해 처음에는 통나무와 흙 구조물로 지었다가 몇 년 후 높이 20m, 출입문 30m, 그리고 두께 8인치로 확장했으며, 전체 2025㎡의 면적으로 석조 성벽으로 재건축되었다. 미국의 필리핀 점령 때는 미군의 병영으로 사용되었고, 1950년 때는 세부가든 클럽으로 사용되었으며, 현재는 세부 시 동물원 내에 위치하고 있다.

시눌루그 축제 : 시눌로그는 산토니뇨에 있는 기적의 상을 기념하기 위한 춤이다. 이 춤은 북소리에 맞춰 움직이는 춤이며, 이것은 현재 세부의 파히나 강으로 알려진 시눌로그의 춤과 많이 닮아있다. 역사학자들은 1521년 4월 7일 페르난디 마젤란이 이곳에 오기 이전에도 이러한 춤의 형태는 존재했으며, 목상과 아니토라는 영적 존재를 기념하는 춤이었다고 한다.

마젤란이 이곳에 기독교를 전파하고, 산토니뇨(아기 예수상)을 라자후마본 왕의 아내인 하라 아미한(Hara Amihan, 후에 주아나 여왕)에게 선물로 주었다. 그때 왕과 800명의 신하들이 세례를 받게 되었다. 그 직후 마젤란은 막탄의 통치자인 라자 라푸라푸와 소수의 인원으로 싸우다가 전사를 하게 된다.

이때가 1521년 4월 27일이었다. 그 후 살아남은 그의 부하들이 스페인으로 돌아가 이 사고를 알렸지만, 44년 후에 다시 원정이 재개된다. 미겔 로페즈 데 레가스피(Miguel Lopez de Legasp)가 세부에 도착한 것은 1565년 4월 28일이었다. 마을을 포격했는데, 원정 군인 중의 한 명인 후안 카무스(Juan Camus)가 불타는 오두막 한 곳에서 나무상자 안에 든 산토니뇨 상을 발견하게 된다. 원주민들은 불탄 오두막 속에서도 남아있던 이것을 기념하기 위해 춤을 추었고, 그것이 시눌로그 축제의 기원이 되었다.